شوراي عالي نظام پزشكي جمهوري اسلامي ايران بعنوان یکی از ارکان تابعه در قانون سازمان نظام پزشکی « شوراي عالي » خوانده مي شود  و دبيرخانه آن در سازمان نظام پزشكي جمهوري اسلامي ايران كه در تهران است مستقر مي باشد.
1 - بيست  و پنج نفر از كادر پزشكي:
این افراد می بایست عضو یکی از هیات مدیره  های سازمان نظام پزشکی شهرستانها باشند که  توسط مجمع عمومی برای مدت  یک دوره چهار ساله انتخاب میشوند و مرکب اند از   سيزده نفر پزشك ، سه نفر دندان پزشك، سه نفر دكتراي داروساز، دو نفر دكتراي علوم آزمايشگاهي تشخيص طبي، دو نفر كارشناس مامائي ، دو نفر از ساير ليسانسيه هاي پروانه دار گروه پزشكي
2- دو نفر از اعضاء كميسيون بهداشت و درمان به معرفي كميسيون بهداشت و درمان و انتخاب مجلس شوراي اسلامي ( به عنوان ناظر )
3-  يك نفر از كادر پزشكي به انتخاب وزير بهداشت ، درمان و آموزش پزشكي و رئيس سازمان پزشكي قانوني كشور.

• ارکان شورایعالی و وظایف آنها

• جلسات شورایعالی

جلسات شوراي عالي نظام پزشكي كه حداقل هر سه ماه يك بار تشكيل مي شود با حضور دو سوم اعضاء شورا رسمي است و تصميمات متخذه با اكثريت آراء معتبر بوده و براي واحدهاي ذي ربط لازم الاجرا است.
حضور وزیر بهداشت در جلسات شورایعالی :
وزير بهداشت ، درمان و آموزش پزشكي و معاونين ايشان و نيز افرادي كه از طرف وزير تعيين مي شوند مي توانند در تمام جلسات شوراي عالي و هيات  مديره  نظام پزشكي با حق اظهار نظر و بدون حق راي شركت نمايند.

• شرح وظایف شورایعالی

1 -اجراي دقيق وظايف مقرر در ماده *(3) قانون نظام پزشکی و نظارت مستمر بر حسن اجراي آنها از طريق رئيس كل سازمان .
2- نظارت برعملكرد نظام پزشكي شهرستان ها .
3 – نظارت برعملكرد صندوق تعاون و رفاه وابسته به سازمان نظام پزشكي .
4- رسيدگي به تخلفات انضباطي هيات مديره نظام پزشكي شهرستانها ارجاعي از طرف شوراي هماهنگي استان و رفع اختلاف بين آنها.
5- تهيه و تصويب دستورالعمل هاي اجرايي لازم در چار چوب اين قانون.
6- انحلال هيات مديره نظام پزشكي شهرستان ها و برگزاري انتخابات مجدد در چارچوب اين قانون.
7‌- تصويب بودجه ساليانه سازمان نظام پزشكي جمهوري اسلامي ايران .

 *ماده 3 – وظايف و اختيارات سازمان با توجه به اهداف فوق به شرح زير مي باشد:
الف – اظهار نظر مشورتـــــي در تهيه و تدوين لوايح ، طرح ها ، تصويب نامه ها و آيين نامه هاي مرتبط با امور پزشكي .
ب- تنظيم دستورالعمل هاي تبليغاتي و آگهي هاي دارويي و مواد خوراكي و آشاميدني و آرايشي و بهداشتي و امور پزشكي و اعلام به مراجع ذي ربط.
تبصره – سازمان نظام پزشكي موظف است حداكثر ظرف مدت پانزده روز از تاريخ وصول استعلاميه ، نظر خود را به مراجع ذي ربط اعلام نمايد.
ج – تدوين و تصويب مقررات و ضوابط خاص صنفي مربوط به استاندارد كردن تابلوها و سرنسخه هاي موسسات پزشكي و پزشكان شاغل حرف پزشكي و وابسته پزشكي.
د- اجراي برنامه هاي آموزش مداوم اعضاء موضوع اين قانون در راستاي قانون آموزش مداوم جامعه پزشكي با مجوز وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشكي .
هـ - صادر نمودن كارت عضويت براي اعضاء سازمان موضوع اين قانون .
و- رسيدگي انتظامي به تخلفات صنفي و حرفه اي شاغلين حرف پزشكي كه عنوان جرايم عمومي را نداشته باشند.
ز- اظهار نظر كارشناسي در مورد جرايم پزشكي به عنوان مرجع رسمي به دادگاه ها و دادسراها.
ح- همكاري با مراجع ذي صلاح در جهت رسيدگي به تخلفات غير صنفي و جرايم شاغلين به حرف پزشكي و وابسته به پزشكي و اظهار نظرهاي كارشناسي مشورتي در اين رابطه با مراجع ذي ربط .
ط – همكاري با مراجع ذي صلاح در جهت حفظ احترام و شؤون پزشكي در جامعه .
ي – همكاري با مراجع ذي ربط در جهت گسترش فعاليت هاي علمي و تحقيقاتي و انتشارات پزشكي .
ك – اظهار نظر و مشاركت فعال به هنگام تعيين يا تجديد نظر در تعرفه هاي خدمات بهداشتي و درماني بخش دولتي و تعيين تعرفه هاي در بخش غير دولتي و همكاري با مراجع ذي صلاح در اجراي آن .
تبصره – درصد تعهد سازمان هاي بيمه گر در قبال تعرفه هاي فوق توسط شوراي عالي بيمه خدمات درماني همه ساله تعيين خواهد شد.
ل- اظهار نظر و مشاركت فعال در تعيين و يا تجديد نظر در ميزان ماليات و عوارض مشاغل موسسات و شاغلان حرف پزشكي و همكاري با مراجع ذي صلاح در وصول آن .
م – مشاركت در تدوين آيين نامه ها و دستور العمل هاي نظارتي درمورد مطب ها ، مؤسسات درماني و بهداشتي و ديگر مراكز پاراكلينيك در بخش خصوصي .
ن – صدور پروانه اشتغال مطب هاي پزشكي و حرف وابسته و تمديد آنها و مشاركت در صدور پروانه موسسات پزشكي براساس مقررات و ضوابط وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشكي .
ق – عضويت در شوراهاي گسترش و برنامه ريزي دانشگاه ها و مشاركت در تعيين ظرفيت دانشگاه هاي دولتي و غير دولتي .
ر‌-همكاري در تدوين آيين نامه هاي ارزشيابي و مشاركت در اجراي آن براي مراكز درماني و بيمارستاني .
ش – كمك به رفع مشكلات رفاهي و مالي شاغلان حرف پزشكي كم درآمد و خسارت ديده از طريق صندوق تعاون و رفاه .
ت- همكاري با مراجع ذي ربط در ارايه خدمات امدادي ، بهداشتي و درماني به هنگام بروز حوادث و سوانح غير مترقبه از طريق تشويق و بسيج اعضاء سازمان .
س – مشاركت فعال در تدوين برنامه هاي آموزشي گروه پزشكي .
ع – همكاري و مشاركت در جهت اشتغال فارغ التحصيلان  گروه پزشكي .
ف- انجام كليه مسؤوليت ها، وظايف و اختياراتي كه تا كنون در قوانين مختلف از سوي مجلس شوراي اسلامي به سازمان نظام پزشكي جمهوري اسلامي ايران محول گرديده است.